Als erster Teil des Forschungszentrums für Traumatologie der Allgemeinen Unfallversicherungsanstalt (AUVA) wurde 1973 das Forschungsinstitut für Traumatologie der AUVA von Dr. Wolfgang Krösl, dem ehemaligen medizinischen Direktor der AUVA, gegründet. Prof. Dr. Günther Schlag, der zum Leiter des Institutes ernannt wurde, erweiterte 1980 das Forschungszentrum durch die Gründung des Ludwig Boltzmann Institutes für Experimentelle und Klinische Traumatologie. Die Forschungsaktivitäten und die Budgetplanung des Forschungszentrums werden durch einen Überwachungsausschuss jährlich und durch die Ludwig Boltzmann Gesellschaft alle vier Jahre nach internationalen Standards überprüft. Durch die per Gesetz festgelegte Verpflichtung der AUVA, die ständige Verbesserung der Behandlung von Patienten zu gewährleisten, werden Forschungsaktivitäten unterstützt und die AUVA ist der Hauptträger des Forschungszentrums. Darüber hinaus wird das Zentrum auch direkt über Projekte aus der Industrie und der Europäischen Union finanziert. Durch Eingliederung der non-profit Organisation Trauma Care Consult im Jahre 1998 wurde das Forschungszentrum durch eine verbesserte industrielle Kooperation weiter gestärkt.
Das Forschungszentrum ist im Unfallkrankenhaus Lorenz Böhler in Wien untergebracht. Im Jahr 2003 wurde in Linz eine Außenstelle, die sich der Gewinnung und Erforschung von humanen adulten Stammzellen widmet, eingerichtet. Diese wird in Kooperation mit der Blutbank des oberösterreichischen Roten Kreuz betrieben.
2006 wurde vom Ludwig Boltzmann Institut für Experimentelle und Klinische Traumatologie der Österreichische Cluster für Geweberegeneration mitbegründet und seither koordiniert. 2021 wurde der Kooperationsvertrag mit der AUVA erneuert und das Institut in „Ludwig Boltzmann Institut für Traumatologie, das Forschungszentrum in Kooperation mit der AUVA“ umbenannt.
Der Erfolg des Forschungszentrums wird nicht nur durch die Anzahl an wissenschaftlichen Publikationen (über 1800 seit 1980), sondern auch durch die Organisation mehrerer internationaler Kongresse (z.B. Wiener Schockgespräche (Vienna Shock Forum), The Wiggers-Bernard Conferences, Shock Societies Conferences, International Fibrin Sealant Conferences und den TERMIS World Congress 2012) und Verfassung von Büchern und Buchserien hervorgehoben. Der „Günther Schlag Award“ ist ein Preis der jungen Wissenschaftlern für innovative Forschung im Traumabereich verliehen wird.